公務災害の手続きを開始しても、認定まで通常２か月以上はかかるし、更に遅れることもしばしばある。また、認定されない場合もある。よって、公務災害の認定申請を行っても、そのまま健康保険治療を行い患者自己負担分を徴収する。
その後、公務災害の認定がおりて、患者が療養補償請求書を持参した場合は、医療機関で記載して手渡した際に、患者負担分を返還し、健康保険分を返戻依頼した上で、公務災害として請求する。

診療を受ければ、速やかに医療費を支払うのは普通のことであり、今まで医療機関の好意により保留をしてきたが、公務災害のシステムが改善しない見込みであるため、自由診療分として、一旦、医療費全額を患者に請求する。
その後、公務災害の認定がおりて、患者が療養補償請求書を持参した場合は、医療機関で記載して手渡した際に、医療費全額を返還する。