農委會林業試驗所林木種子冷藏庫於民國45年由當時的中國農村復興聯合委員會（農復會）爭取美援經費建造設立，目的在儲藏豐年過剩的種子以供爾後育苗造林之用，對1960~80年代臺灣的造林育苗用種子，發揮了極大的供需調節作用。近年來隨著天然林禁伐，使得造林事業跟著沒落，種子庫（seedbank）不再需要儲存大量造林育苗用種子。因此，本種子庫現在的主要任務也演變為「臺灣重要樹木基因資源的保存」，也就是說，透過儲藏種子的方式來對本土重要樹種的遺傳資源進行區外保育工作。