金剛乘密法特別強調「三根本」—上師、本尊和空行的修法。三根本分別有不同的功德與加持：

要證悟－要得到勝義諦的成就－必須依靠上師的加持，所以上師為一切加持之根本。
要增上－弘法利生的四種事業－本尊的修法非常重要，所以本尊為一切成就之根本。
要遣除－修行過程中的違緣－就需要空行的修法，所以護法為一切事業根本。

在金剛乘裏，上師的重要性不只是指點我們迷津而已，我們應視他為佛。尊上師為佛，他的加持力將直接融入我們的心，啟開覺醒之門。

修持利益：能清淨業力與煩惱，清淨三門障礙；對六道能升起厭離，斷除來世輪迴流轉的流續；能令善業甦醒，往生極樂淨土，…等等無量功德。