熱蘭遮城包圍戰
    當荷蘭人控制臺灣島時，隔著海峽的中國明朝被興起的清朝勢力所取代。一些明朝的臣民繼續反抗清朝的統治，其中最有名的是「國姓爺」──鄭成功。
    鄭成功為取得「反清復明」的根據地，決定攻打在臺灣的荷蘭人。西元1661年他率領艦隊先進攻普羅民遮城。獲得勝利後，再包圍熱蘭遮城，荷蘭守軍終於在西元1662年開城投降。
荷蘭人向鄭成功投降，並退出臺灣。雙方簽訂和約，第一條內容是「雙方都要把所造成的一切仇恨遺忘。」

鄭成功
鄭芝龍之子，曾獲明朝君主賞識，賜給他國姓「朱」。因此，大家又稱他為「國姓爺」。

明鄭時期的經營
    鄭成功率領著大批軍隊、臣民渡海來臺
，為了解決糧食問題，於是派出軍隊從事開墾與農耕。這段時期留下的地名，例如：臺南市的新營、下營，高雄市的左營、前鎮等
，背後都有著一段和軍隊開墾有關的故事。
    鄭成功去世後，由兒子鄭經繼位，在陳永華的輔佐下，繼續從事海外的貿易，出售蔗糖、鹿皮等貨品，並買進布匹與武器，以維繫政治經濟的需求。同時興建孔子廟、設立學校、舉辦考試，積極造就人才。開啟臺灣日後成為以漢人為主的社會型態。
1. 當時明鄭軍隊駐紮的鎮營名稱，有些成為現今地名。
2. 臺南孔子廟是明鄭時期所修建，附設的學校課程以傳授儒家思想為主。

施琅攻臺
    鄭經力圖「反清復明」，然而出兵清朝的軍事行動卻遭遇失敗。他過世後，兒子鄭克塽 繼位，國力已大不如前。於是，清朝派遣施琅 進攻臺灣，鄭家軍在澎湖防衛戰中失利，鄭克塽投降。西元1684年，臺灣正式納入清朝版圖。

施琅
原是鄭成功的大將，後來投降清朝。在鄭經死後，率領清軍攻下臺灣，並說服康熙皇帝，將臺灣正式納入版圖。

1. 鄭經家族的莊園現為臺南市開元寺。

明鄭時期
1662年 鄭成功將荷蘭人逐出臺灣;鄭成功病逝，子鄭經繼位
1666年 臺南孔子廟落成
1680年 鄭經出兵清朝失敗，撤回臺灣
1681年 鄭經病逝，子鄭克塽繼位
1683年 清朝政府派施琅攻臺，鄭克塽投降
鄭經時期，在今臺南市興建臺灣第一座孔子廟，當時學生上課的地點，就在孔子廟的「明倫堂」。